La chiesa di S. Stefano Protomartire fu edificata tra la fine del IV sec. e i primi anni del V sec. su un'area cimiteriale ed in sostituzione di un preesistente edificio di culto pagano dedicato alla dea Iside. Fino all' VIII ricoprì il ruolo di cattedrale cittadina (successivamente trasferita presso la chiesa di S. Maria Matricolare). Tra il X e l'XI sec. l'edificio fu rinnovato con la costruzione delle due navatelle laterali (tramite arcate poggianti su semplici pilastri) e l'edificazione dei due ambulacri sovrapposti e direttamente comunicanti con l'abside.Ne XII sec. la chiesa fu ampliata e rinnovata in forme romaniche. Appartiene a questa fase costruttiva l'edificazione della attuale facciata a capanna in corsi alternati di tufo e laterizio, la costruzione della cripta sotterranea e la conseguente soprelevazione di presbiterio e transetto alla quota attuale e l'innalzamento del tiburio ottagonale. Esternamente l'edificio si presenta con facciata a capanna rivolta ad occidente. Torre campanaria a tiburio. Impianto planimetrico a croce latina, articolata su tre livelli principali, costituita da un’aula a tre navate separate da due file di quattro pilastri, transetto trasversale sopraelevato con abside semicircolare cinta da un ambulacro rialzato, e cripta ipogea sottoposta al transetto; lungo i fianchi delle navate laterali si aprono quattro cappelle laterali: la cappella della Sacra Famiglia con i Santi, la cappella dell’Immacolata e la cappella di S. Antonio, sul lato settentrionale, la cappella degli Innocenti, sul lato opposto. L’interno della chiesa, dalle linee architettoniche sobrie ed equilibrate, conserva lungo le pareti si conservano pregevoli decorazioni ad affresco databili alle diverse epoche storiche che hanno segnato le principali vicende edilizie della chiesa; nel settore sommitale dei prospetti interni della navata maggiore si conservano le bifore, ora murate, degli antichi matronei; il presbiterio è cinto da un ambulacro decorato con un elegante apparato pittorico neoclassico. La navata centrale e le navate minori sono coperte da una controsoffittatura piana con struttura lignea decorata a finiti cassettoni; il presbiterio è sovrastato da una calotta emisferica in muratura affrescata dal pittore Domenica Brusasorzi (1516-1567); la volta a botte della tribuna absidale è decorata con affreschi realizzati dal pittore Sante Prunati (1652-1728). Copertura a due falde con struttura portante costituita da capriate e travature lignee; manto in coppi di laterizio; il tiburio sovrapposto al presbiterio è chiuso da una copertura a padiglione a pianta ottagonale. La pavimentazione dell’aula è realizzata con lastre di rosso ammonitico; i bracci del transetto sono pavimentati con quadrotte di nembro rosato; il piano del presbiterio è caratterizzato da un disegno pavimentale geometrico, realizzato con lastre di marmo grigio venato e marmo statuario di Carrara, riquadrate con listelli in marmo rosso Verona.

Pianta

La chiesa presenta un impianto planimetrico a croce latina, articolata su tre livelli principali, costituita da un’aula a tre navate separate da due file di quattro pilastri a sezione quadrata, e con transetto trasversale raggiungibile risalendo un’alta scalinata con quattordici gradini; la crociera del transetto è occupata dall’area presbiteriale, conclusa con abside semicircolare cinta da un ambulacro rialzato; i bracci laterali del transetto, occupati dalle aule minori per i fedeli, accolgono, addossati alla parete di fondo, l’altare della Pentecoste, a sinistra, e l’altare dei SS. Andrea e Pietro, a destra; lungo i fianchi delle navate laterali si aprono quattro cappelle laterali emergenti: all’inizio della navata settentrionale si collocano la cappella della Sacra Famiglia con i Santi, la cappella dell’Immacolata e la cappella di S. Antonio; sul lato opposto insiste la cappella degli Innocenti. E’ presente un ambiente ipogeo, esteso all’area corrispondenza al transetto, accessibile mediante due scalin

IV sec. - V sec. (origini e costruzione intero bene )

La chiesa di S. Stefano Protomartire fu edificata tra la fine del IV sec. e i primi anni del V sec. su un'area cimiteriale ed in sostituzione di un preesistente edificio di culto pagano dedicato alla dea Iside ed al suo sposo Serapide. L'edificio sarebbe stato dedicato a S. Stefano solo in seguito al ritrovamento del corpo del santo, avvenuto nel 415 d.C. Tale originario edificio presentava orientamento canonico, pianta a croce latina ed unico ampio abside, corrispondente all'attuale. La facciata era probabilmente preceduta da un nartece.

VIII sec. - VIII sec. ("Versus de Verona" o "Ritmo Pipiniano" carattere generale)

La chiesa di S. Stefano è citata in un composizione in versi ("laudes civitatis"), conosciuta come Versus de Verona o Ritmo Pipiniano, dove sono elencate alcune chiese dei sobborghi cittadini. Dal testo si evince inoltre che all'interno della chiesa, ab antiquo, sono conservate i resti mortali e le reliquie di alcuni santi, vescovi e di quaranta martiri. Il testo recita: "Ab oriente habes primum protomartyrem Stephanum, Florentium, Vindimialem et Maurum episcopum, Mammam, Andronicum et Probum cum quadraginta martyribus".

X sec. - XI sec. (costruzione intero bene )

Tra il X e l'XI sec. l'edificio fu rinnovato con la costruzione delle due navatelle laterali (tramite arcate poggianti su semplici pilastri) e l'edificazione dei due ambulacri sovrapposti e direttamente comunicanti con l'abside. Appartengono a tale fase costruttiva alcune decorazioni ad affresco tuttora visibili sul muro circolare dell'ambulacro inferiore (imitazione di un drappo blu perlato, impreziosito da immagini stilizzate di aquile e leoni) e nell'intradosso dell'arco di separazione tra aula e presbiterio (decorazione a svastiche).

XII sec. - XII sec. (rinnovamento e ampliamento intero bene )

Ne XII sec. la chiesa fu ampliata e rinnovata in forme romaniche. Appartiene a questa fase costruttiva l'edificazione della attuale facciata a capanna in corsi alternati di tufo e laterizio, la costruzione della cripta sotterranea e la conseguente soprelevazione di presbiterio e transetto alla quota attuale e l'innalzamento del tiburio ottagonale.

XIII sec. - XIII sec. (rinnovamento presbiterio)

Sul finire del XIII sec. l'abside fu restaurata e rinnovata. Nello specifico si intervenne sulla copertura (originariamente unitaria) che fu suddivisa in due parti. Di queste la parte più esterna mantenne la copertura a padiglione mentre quella più interna fu soprelevata e coperta da un tetto a doppia falda.

XIV sec. - XV sec. (decorazione ad affresco interno )

Tra la seconda metà del XIV sec. ed i primi anni del XV sec. l'interno fu impreziosito da alcune decorazioni ad affresco. Tra queste si ricorda una "Madonna della Latte" opera datata 1388 e firmata da Giacomo da Riva. A Martino da Verona è attribuita una lunetta affrescata raffigurante le "Storie di Maria".

XVI sec. - XVI sec. (costruzione cupola del presbiterio)

Nel XVI sec. fu edificata e decorata ad affresco da Domenico Brusasorzi la cupola a copertura del presbiterio.

XVII sec. - XVII sec. (costruzione cappelle laterali)

Nel corso del XVII sec. l'edificio fu ampliato con la costruzione della Cappella degli Innocenti con copertura a cupola (fianco meridionale) e di tre cappelle più modeste sul fianco settentrionale.

1817 - 1818 (sterro e rivestimento e rinnovamento fianchi e facciata)

Al 1817-1818 risalgono i lavori di sistemazione stradale e di sterro nella piazzetta, intorno alla facciata, alla cappella degli Innocenti e al fianco sud. Queste parti, fino ad allora interrate e prive di rivestimento, furono rivestite con lastre di pietra calcarea locale. Durante i lavori furono rinvenuti due altari dedicati alla dea Iside. In tale occasione fu modificata anche la facciata con l'inserimento delle due monofore allungate in sostituzione delle quattro finestrelle di epoca romanica.

1840 - 1843 (restauro i